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目前已经从猪体内分离出了副基体门的胎儿三毛滴虫、圆形微小毛滴虫及巴特里四毛滴虫。Mostegl 等人使用广谱探针对猪肠道石蜡切片进行原位杂交检测，结果发现91例样本为毛滴虫阳性，这91例样本中约47%的样本感染了除胎儿三毛滴虫外的其它种（Mostegl et al., 2011）。随后应用引物步移法对选取的三头猪的肠道样本进行毛滴虫18S核糖体RNA测序，将多对引物扩增出的片段重叠拼接，获得了大小约1000bp的序列。三头猪扩增出的序列与Genbank上序列部分相似。序列比对和BLAST分析表明1号和3号猪的毛滴虫序列高度同源，仅有1%的差异性，该序列与阿科斯塔氏下毛滴虫（分离自有鳞爬行动物）的同源性达92%。2号猪的毛滴虫序列与1号和3号猪的序列存在10%的差异性，但是该序列与两栖微小毛滴虫（蛙的共生体）序列同源性高达97%。采用邻接法和极大似然法进行系统进化分析，其结果验证了BLAST分析结果。
该研究在猪肠道内发现了至少两种之前未曾描述的毛滴虫新种。
Meike M. Mostegl, Barbara Richter, Nora Nedorost, Christiane Lang, Anton Maderner, Nora Dinhopl, Herbert Weissenböck. First evidence of previously undescribed trichomonad species in the intestine of pigs? Veterinary Parasitology. Volume 185, Issues 2–4, 30 April 2012, Pages 86–90