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艰难梭菌与人的艰难梭菌相关性疾病（CDAD）有关，使用抗菌药被认为对是造成人类疾病的危险因素。艰难梭菌还可在健康食品动物中寄居从而有可能传播给人。鉴于检测的复杂性和成本原因，很少检测艰难梭菌的耐药性。
在由国家动物健康监测系统进行的研究中，共从健康的食品动物分离出376株艰难梭菌菌株（从猪和奶牛粪便中各分离出94株，从肉牛粪便中分离出188株）。检测了样本对9种抗菌剂的耐药性，其被认为是造成CDAD的危险因素（利奈唑胺，阿莫西林-克拉维酸，氨苄西林，克林霉素，红霉素，左氟沙星，甲硝哒唑，利福平和万古霉素）。
万古霉素对所有的艰难梭菌分离株均有效(细菌的最小抑菌浓度=3.0微克/毫升)，而几乎所有分离株(n=369; 98.1%)对左氟沙星均有耐药性。除了万古霉素，耐药性随动物种类不同而变化，如下：利奈唑胺（在猪，奶牛和肉牛的耐药性分别为8.5%，2.1%和1.1%），克林霉素（在猪，奶牛和肉牛的耐药性分别为56.4%，80%和90%），利福平（在猪，奶牛和肉牛的耐药性分别为2.1%，0%和14.3%）。无论动物品种，多重耐药性常在以下几种组合中观察到：克林霉素和左氟沙星(n=195; 51.9%)，氨苄西林，克林霉素和左氟沙星(n=41; 10.9%)。造成不同动物品种间耐药性差异的原因尚不可知，需要进一步的研究。
Thitaram SN, Frank JF, Siragusa GR, Bailey JS, Dargatz DA, Lombard JE, Haley CA, Lyon SA, Fedorka-Cray PJ; Antimicrobial Susceptibility of Clostridium Difficile Isolated from Food Animals on Farms; Int J Food Microbiol. 2016 Mar 17;227:1-5. doi: 10.1016/j.ijfoodmicro.2016.03.017. [Epub ahead of print] PMID: 27043382