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狗和牛的呼吸道和肠道疾病与博卡病毒属病毒有关。此外，最近几年新型博卡病毒在饲养猪和野猪上都有发现，但其相关性至今未知。
本实验旨在确定美国猪群博卡病毒的患病率和基因多样性。应用新近建立的多重实时PCR检测385份来自患不同疾病猪的肺，淋巴结，血清，和粪便样本。检测到高达21.3-50.8%的博卡病毒患病率，且在同一样本中通常检测到2种或者多种博卡病毒株。克隆和序列分析博卡病毒阳性组的DNA样本的部分非结构型蛋白NS1和衣壳蛋白VP1和VP2，组1 (n=6), 2 (n=16) 和3 (n=42)包括亚组 3A, 3B 或3C都显示出博卡病毒的基因多样性，特别是博卡病毒G3 VP2基因，而博卡病毒G1 VP1基因表现出较低的核苷酸多样性。用引物步移，获得了18个博卡病毒部分或接近完整的基因组，18个接近完整的基因组中的6个表现为新型博卡病毒株。用部分NS1, VP1, VP2基因和接近完整的基因组的重组分析表明博卡病毒之间和内部存在基因重组的可能。
要揭露博卡病毒多样性的可能致病作用有待进一步研究。
Yong-Hou Jiang, Chao-Ting Xiao, Shuang-Hui Yin, Priscilla Gerber, Patrick Halbur, and Tanja Opriessnig. High prevalence and genetic diversity of porcine bocaviruses (PBoV) in US pigs and identification of multiple novel PBoVs J Gen Virol vir.0.057042-0; published ahead of print November 16, 2013, doi:10.1099/vir.0.057042-0