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自2010年12月以来，中国全国范围内大面积爆发乳猪腹泻，疫苗接种预防腹泻相对有效。然而，2017年2月，中国广东的猪流行性腹泻病毒疫苗接种猪群发生了严重腹泻疫情。所有病猪都表现出严重的水样腹泻，临床发病时间比感染猪流行性腹泻病毒晚几天。使用针对猪流行性腹泻病毒，传染性胃肠炎病毒，猪A组轮状病毒或猪德尔塔冠状病毒的特异性引物，通过逆转录聚合酶链反应进行初始测试，在所有临床样本中均未检测到这些病毒。此外，在恢复的母猪中未发现针对猪流行性腹泻病毒的血清中和抗体。
为了研究造成近期乳猪严重腹泻的可能致病原因，我们从3个猪场收集了32头新生仔猪的分泌物。我们将5日龄仔猪分为4组，每组5只（根据分泌物的来源分为3组，加1个对照组）。我们通过口服途径给每只动物接种5ml分泌物。 2天后，所有接种的动物均表现出类似的临床症状，包括腹泻和脱水。在组装和绘制测序读数之后，我们获得了猪肠道甲型冠状病毒GDS04菌株的完整基因组序列。猪肠道甲型冠状病毒GDS04菌株的全基因组与所报道的蝙蝠-HKU2菌株具有高核苷酸同一性（≈95％）。基于GDS04全基因组和4个已知冠状病毒属，包括人类和蝙蝠样冠状病毒的代表菌株，系统发育分析表明，GDS04与蝙蝠样冠状病毒相似。根据系统发育树，GDS04位于HKU2和BtRf甲型冠状病毒之间。2007年在中国香港和广东省确定了HKU2菌株，并于2012年在中国检测到BtRf甲型冠状病毒株。基于对各组冠状病毒基因组的全基因组比较分析，我们将GDS04分类为甲型冠状病毒。
我们设计了特异性的n基因引物用于检测GDS04菌株。通过这些引物进行逆转录聚合酶链反应，发现308例临床肠道或粪便样本中有97例为GDS04阳性。收集2017年2-4月期间广东省25个猪场的所有临床样本，并将20份健康的疫苗接种仔猪的样本作为阴性对照。
总之，本文报道了我们检测到的新型冠状病毒样病毒-猪肠道甲型冠状病毒的初步数据。猪肠道甲型冠状病毒被认为是导致最近中国南方猪群发生流行性腹泻的原因。正在进行病毒分离和血清学检测。在中国南方猪场中新发现的病毒的爆发造成了严重腹泻，表明区域爆发的腹泻可能导致新的病毒的地方性流行的出现。需要对GDS04猪肠道甲型冠状病毒进行广泛的监测以确定其流行病学和进化。
Gong L, Li J, Zhou Q, Xu Z, Chen L, Zhang Y, et al. A New Bat-HKU2–like Coronavirus in Swine, China, 2017. Emerg Infect Dis. 2017;23(9):1607-1609. https://dx.doi.org/10.3201/eid2309.170915
