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出生后第一天与环境微生物的逐渐接触帮助细菌在胃肠道定植以及建立胃肠道微生物菌群的平衡。这允许黏膜相关淋巴组织(MALT)的形成，其可诱导针对有害微生物的主动免疫应答，同时可与无害病原体如共生菌共存。
在生产的初始阶段，生产性能良好，此时环境条件对胃肠道屏障尚未构成巨大挑战，故较多的能量致力于猪的生长。在饲料中添加抗生素可低成本的达到这种效果，同时可防止病原体传播到食物链。抗生素对胃肠道菌群的作用取决于其类别，剂量，给药途径，及其药代动力学和药效动力学特性。因此使用不同的抗生素抑制不同的细菌可对仔猪的生长起到促进作用。
从图1和2可见不同种类的抗生素如何提高健康断奶仔猪的采食量，但它们对肠道微生物群有不同的作用（C为对照，A为阿莫西林，D为强力霉素，T为替米考星）。通过分子生物学技术可知不论使用何种抗菌剂，使用这些抗生素可降低细菌的多样性。
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| 图1：采食量克/天 | 图2：肠道菌落数，log10 CFU/g. |
Trevisi et al., 2011
目前，欧洲的目标是生产更安全的动物产品，包括大大降低食品可能含有肠道病原体和抗生素的危险。同时，为了降低抗生素耐药性向人用药的扩散，降低了抗生素作为治疗用药的使用，这就激发了研究一种可行的替代方案-在猪饲料中添加抗生素。
饲喂方法，饲料原料的选择和添加剂的使用对胃肠道微生物群有潜在的调节作用，可减少为了维持和控制致病菌的能量消耗。接下来我们会总结一些使用的方法来帮助实现这个目标：
1- 基础日粮配方。日粮中多糖的质量影响微生物群的多样性，但其必需与蛋白质的摄入同步，才能保证最低限度的消除蛋白质降解的代谢产物。某些营养物过量（糖，铁等）会过度刺激致病菌，最好的解决办法是提供高度可消化的碳水化合物和一些（但好）蛋白质来源。
2- 对胃肠道微生物群的直接作用。有机酸高度稳定，且经常为混合酸。另一方面精油需要高剂量且在消化道内被快速吸收，血浆是一种值得关注但昂贵的选择。
3-增强肠道屏障功能。母体环境是形成新生仔猪胃肠道微生物群的主要因素。通过日粮（包括补充益生菌）调节母猪的胃肠道微生物群可改变仔猪的微生物群，从而影响仔猪的早期存活，断奶前后的生产性能。然而此法未被大多数猪场采用。
断奶过程中，在饲料中添加微生物可帮助保持或者恢复有益共生菌的平衡，断奶应激可造成暂时厌食症。故需要添加针对猪的益生菌，如淀粉乳杆菌。
因益生菌的一些特性（产生抗菌分子，刺激免疫应答，粘附位点竞争等），已对一部分益生菌的中和肠道病原菌的作用进行了研究。总体而言，数据显示经口给药是最好的给药方式，或伤害最小的方式。然而，有一些案例，给猪饲喂益生菌用以抵抗某种疾病，反而对猪的健康起到负面影响。这些结果的不同可能是由于研究模型的不同，或者开始时微生物环境的不同。
对共生菌的特定免疫应答和“野”菌也与益生菌（经口给药）之间的互动的可靠数据很少。故益生菌不总是有效的。公差标准对健康动物是有用的，但其对暴露于病原体下的动物有一定的危险。在仔猪料中添加其它的益生菌如酵母和其相关产品似乎很有前景。
图3：益生菌对动物生长和健康的积极影响的机理
4- 使用氨基酸。补充色氨酸和苏氨酸可弥补因炎症及粘液和免疫球蛋白产生需要的能量增加，特别是对猪更是如此，因猪对大肠杆菌更易感。目前有新的分子测试方法可以检测个体易感性，这不仅可以在猪选择上，还可以在改善饲喂方法上帮助我们。
5- 氧化锌。按照药物剂量使用可大大的改变微生物群，同时提高生长，但对环境的可持续发展不利。