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猪圆环病毒2型基因型更新及新基因分型法的提出

建议的分类可为未来的研究建立一种“共同语言”,应进一步努力实现PCV-2全球方案的更同质化和信息化的表达。

星期二 15 1月 2019 (之前 3 月 8 天)
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猪圆环病毒2型(PCV-2)是最普遍的猪病毒之一,由于其直接损失和间接控制成本而造成显着的经济影响。与其它ssDNA病毒一样,pcv-2具有高进化率的特点,导致出现过多具有不同生物学和流行病学特征的变体。一直以来,人们试图建立已识别基因型的PCV-2遗传异质性分类。这种分类明显简化了流行病学调查,从而可以识别不同基因型之间的空间和时间模式。此外,假定了可变毒力和疫苗效力。然而,随着测序的快速发展,及病毒本身的高变异性,已对先前建立的命名法提出了挑战,导致几种研究特异性基因型的定义,并阻碍了进行流行病学研究的能力。基于这些前提,本文研究了更新的分类方案。认识到不可能明确的定义簇间遗传距离界限,本研究提出了一个基于系统发育的基因型定义,基于三个标准:最大基因型内遗传距离为13%(根据ORF2基因计算), 相应内部节点的引导支持高于70%且至少有15个可用序列。该方案允许定义8种基因型(PCV-2aPCV-2h),其中6个基因型是先前提出的。为了最大限度地减少实施新分类的不便,已尽可能保留了已采用的最常见的名称。对序列相关元数据的分析强调了在地理,宿主和时间分布方面的高度不平衡的测序活动。故PCV-2分子流行病学分析出现了严重的偏倚,可能导致遗传和流行病学/生物病毒特征之间的虚假联系。建议的分类可以为未来的研究建立一种“共同语言”,应进一步努力实现PCV-2全球方案的更同质化和信息化的表达。

Franzo G, Segalés J. Porcine circovirus 2 (PCV-2) genotype update and proposal of a new genotyping methodology. PLoS One. 2018;13(12):e0208585. Published 2018 Dec 6. doi:10.1371/journal.pone.0208585 PMID: 30521609 PMCID: PMC6283538 DOI: 10.1371/journal.pone.0208585

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