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文献
全球猪圆环病毒2型（PCV2）序列的分子遗传分析证实存在四种主要的PCV2基因型，并显示PCV2d的快速增加。
实验内容
为了评估价PCV2菌株的系统发育关系，采用不同统计学方法比较1680个PCV2的开放阅读框2（ORF2）序列。
实验方法
2014年2月前在全球互联网基因组数据库“GenBank”中公布的1537个PCV2 ORF2基因序列和来自爱荷华州立大学诊断实验室数据库的143个ORF2序列（共1680个ORF2序列）被用于PCV2的系统发育分析。
实验结果
研究证实，PCV2可分为4种主要亚型PCV2a，PCV2b，PCV2c，PCV2d。此外作者还概述了这些亚型之间的6个较小的中间进化枝。其中一枝中间进化枝似乎仅局限于亚洲。然而，关于这种进化枝菌株的报告确是持续不断，这表明它可能是活跃进化枝。其它中间进化枝仅包括数量非常有限的菌株，故可被认为是非活跃进化枝。它们可能对应于适应度降低的小众的，灭绝的中间进化病毒株，或测试人工制品。PCV2c似乎是一个灭绝的病毒亚型。单个菌株对不同基因型和中间进化枝的关系有时依赖于所使用的统计学模型和用于分析的参考菌株的数量。
结果进一步证实，有两个主要的从一个亚型到另一个亚型的转变：2003年，在使用PCV2疫苗之前，从PCV2a到PCV2b，以及从PCV2b到PCV2d的第二次转变，如在美国主要发生在2011 2014年。
进一步的系统发育测试表明PCV2b和PCV2d已经相互独立地发展了20多年。 此外每种亚型都存在渐进逐渐的遗传分化。 为什么PCV2具有高突变率以及高遗传多样性的（对DNA病毒不常见）原因是未知的。持续出现新菌株的原因及已观察到基因型的变化也是未知的。在引入PCV2疫苗之前发生了第一次转变。
实验结论
本研究表明，PCV2的进化速度远远高于其他DNA病毒，其多样性更广泛。 猪业应进一步监测PCV的发展，并确定其与PCVD防控的相关性。
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我们从未停止学习和被震惊。据我们所知DNA病毒比RNA病毒更稳定，故它们的进化不那么动态。 但PCV2似乎并不是这样的。虽然它只出现了数年（第一个序列分离自1967年的样本），但其没有停止进化。它的基因型没有停止变化，但对这种动态进化在实际或应用条件下的意义还不清楚。 本文结论表明，更多PCV2d基因型的存在与疫苗的广泛使用相关，因大多数疫苗分离物来自具有临床问题的猪场的样品。这使一些兽医认为，疫苗不能平等地保护发现的所有PCV2亚型。 然而我认为本文并未就此说明。 事实上其中一位作者发表了多篇文章，概述了基于PCV2a基因型的商品疫苗的有效性，包括PCV2d。 毫无疑问，大多数新型基因型分离物来自有临床问题的猪场样本，尽管猪场进行了疫苗接种。如果没有问题，也没有必要采集样本。另一方面，有问题的猪场很可能已使用商品疫苗。当猪出现疑似圆环状病毒的症状时，疫苗接种是我们采取的第一个措施（甚至在进行任何诊断测试之前）。当已经接种疫苗时，我们确保其操作是否正确，因我们对疫苗接种失败感到惊讶。 本文强调了当前诊断测试的力量。这些测试使我们可检测病毒基因组的微小变化，尽管有限制，但可在发生这些变化时建立时间顺序，这有助于我们了解不同分离物之间遗传关系的远近。不幸的是，我们并不总是了解基因型和表型之间的具体关系，本文所述就属于这种情况。遗传改变可能与抗原变化和/或发病机制的变化有关，但目前为止，在这个特殊的案例中，我们不知道。 我们必须等待科学进步，以消除我们对PCV2的疑虑。 |
